抽丝剥茧 大宝林涛还秦明清白
大宝与林涛细细分析，猜测凶手首先肯定知道秦颂当年是为罗钥所杀，并且知道以秦明的能力和性格，必然会查到罗钥的身上;凶手对秦明特别了解，因此所有的作案手段和暴露的线索全部都指向秦明。但他们不了解的是，秦明平时与其他人很少有交集，什么人才会与他有那么深的矛盾，以至于如此大费周章地陷害他。大宝和林涛决定从秦明办过的案件查起，凶手懂得医学知识是他们侦查的突破口。
大宝回到办公室，翻看秦明从前经手的案件，她发现一个卷宗显示秦明经手一桩案件持续了两年的时间，大宝觉得很反常。
大宝打开卷宗，里面显示，2010年9月的一个晚上，一个黑衣男子对一个女子实施抢劫，在案发现场的车窗碎玻璃上留下了凶手的血迹。
大宝看到卷宗中显示，现在的局长谭永明是当时的案件经办人，他当时抓住的凶手是龙番市的一个惯犯。但秦明拿来的鉴定结果却显示，现场血迹与警方抓的疑犯DNA对比结果并不符合。然而，谭永明坚持称在疑犯的家里找到了赃物，凭他的经验，疑犯就是凶手。接着，谭永明拿来一张疑犯的认罪书。
大宝再往后看，原来疑犯曾因白血病做过骨髓移植手术，大宝猜测可能是因为骨髓移植手术改变了疑犯的DNA，变得和捐献者一致。她反过来想，在罗钥被杀的现场发现的血迹可能也并非是秦明本人的。
大宝立刻将这一发现告诉了林涛，她猜测，因为秦明也曾捐献过造血干细胞，所以有可能是有人移植了秦明的造血干细胞，从而拥有了和秦明一致的DNA，之后又故意将血迹留在了凶案现场。
林涛和大宝在全市排查可以做骨髓移植的医院，在最后一家医院的档案室里，大宝找到了接受秦明骨髓移植的对象名叫张超，但主治医生一栏却是空缺。然而，大宝查遍秦明办过的案件中，并没有一个叫张超的人。
在碰头会上，谭永明要求林涛带人抓捕张涛，随后宣布大宝在休假期间违反规定擅自查案并将其停职。
张超归案，秦明获释。大宝和林涛在监狱门口等他出来，不善于表达的秦明由衷地感谢这两位将自己从生死线上拉回来的好伙伴。当他知道大宝因为调查自己的案件而被停职时，更是感动到说不出话。
在审讯室里，张超只字不吐，让林涛很是棘手，最后，张超指定要秦明跟自己谈。当着秦明的面，张超爽快地承认罗钥是自己杀的。但秦明认定他有同伙，因为以张超的专业知识，根本不可能独自完成那样完美的作案，而且张超与秦明和罗钥都没有交集，他没有理由去杀罗钥陷害自己。秦明甚至认为，张超的同伙不但教唆他杀人，更教会了他杀人的方式。张超沉默了半天，说自己身上和秦明流的是同样的血，所以自己的同伙就是秦明。秦明讽刺张超不过只是个傀儡，之后便头也不回地离开审讯室。
林涛在局里开会，谭永明部署下一步调查张超的同伙。在散会后，谭永明告诉林涛，自己要向秦明当面道歉。
被停职的大宝到了家门口，总觉得有人在跟着自己，但仔细看，又找不到跟踪的人。她回到家，接到秦明的电话，约她一起吃饭。
大宝出门赴约，刚走到门口，秦明来电话，大宝还没接电话就被背后一记闷棍打晕，打她的人将秦明的电话挂断。
秦明和林涛在餐厅里等大宝很久也没等到。林涛告诉秦明，大宝为了证明他的清白，几天几乎没有睡觉，所以希望秦明不要怪大宝迟到。秦明问林涛，是不是自己很不讲理。林涛一下打开话匣子，一一列举着秦明不合群的事例。
秦明和林涛等了很久，终于等到大宝来电话，秦明接通后，电话里却不是大宝的声音。一个女人在电话里对他说，大宝在她的手上……
法医秦明第20集剧情介绍(大结局)美女老板 不惜代价报复秦明
电话里的女人问秦明记不记得四年前他办过的水良案，并要秦明出去与她当面谈。
秦明听出打电话的人是水良的妻子池子，他让林涛点菜，自己则走到了餐厅的门口。屋外下着大雨，一辆面包车开过秦明的身边，从车上扔下了一个小纸盒。纸盒里有一只MP4，里面录制的视频是晕过去的大宝被绑在水箱里，水箱里的水位已经达到了大宝的大腿部，而且在不断升高。秦明预测一个小时左右水位就会涨到大宝的鼻腔部位。电话里，女人问秦明，他是不是要感谢自己杀了罗钥帮他报了杀父之仇，自己其实非常想看到他变成杀人犯的样子。她告诉秦明，如果他不能及时找到关大宝的地方，大宝将会被溺死。
秦明努力使自己保持清醒，他仔细地看着视频，从灯光发现大宝被关的地方在星龙海滩的一座灯塔附近。他立刻跳上一辆出租车，他在出租车上紧张地分析着海滩十二座灯塔的位置和灯光的朝向，最终判断出灯塔的具体位置在自己家的附近。
池子口中的水良案发生在四年前，当年，在池子和水良的婚礼上，水良作为多起凶杀案的嫌疑人被捕，池子的父亲当场脑溢血病发去世。警方的调查结果是，水良是一个强奸杀人犯，在五名受害人身上均提取到了他的DNA。一天内失去两个亲人的池子悲痛欲绝，她去找当时担任此案法医的秦明，但不善于与人打交通的秦明并没有与池子进行沟通交流。池子将一切责任全部归咎到了秦明的身上。池子为了复仇，辞去了医生的工作，变卖了家产，开了家餐厅，用了四年的时间接近秦明。她找到张超，帮他移植了秦明的造血干细胞，并查清了秦颂的死因，本来以为万事俱备，能将秦明变成一个杀人犯，却没想到大宝救了他。
大宝醒来，发现自己被关在水箱里，水箱外一个女人手里拿着注射器，这个女人竟然就是秦明他们经常去光顾的餐厅女老板池子。池子要她给秦明打电话，让秦明来救她。大宝不愿意打，池子将手里的注射器里的安定药全部推入大宝的体内。
秦明很快找到了池子所在的地方。池子给他两个选择，要么秦明死，要么让秦明看着大宝死。这时，水位已经到了大宝的胸部。池子一手拿枪一手拿着注射器，秦明不敢再上前一步，他按池子的要求跪了下来。
秦明眼睁睁地看着水渐渐地涨到了大宝的下颌，他又想起当年坠楼的父亲。他央求池子杀了自己，丧心病狂的池子说，即使秦明死了，大宝也活不了。
万分危急的时刻，林涛赶到，举枪打伤了池子。秦明冲到水箱跟前，但水箱是特殊防弹玻璃制成，池子狂笑地称开水箱的钥匙在自己的肚子里，除非秦明用桌上的手术刀剖开自己的身体，而成为一个杀人犯，否则这个水箱将无法打开。
水位即将达到大宝的鼻子，秦明却束手无策，他恍惚中又回到小时候抱着父亲的尸体大哭。他鬼使神差地拿起手术刀向池子走去，他甩开阻拦他的林涛，将刀举到池子的面前。林涛鸣枪，也没办法使他清醒。池子说，自己的幸福终止在水良给她戴上戒指那一刻。这句话提醒了秦明，他脱下池子手上的钻戒，在玻璃上划出裂缝，在林涛的帮助下，水箱终于被砸开。
已经在水中窒息的大宝被送进医院，秦明一直守在她的病床边。大宝渐渐醒来，看到守护她的秦明和林涛，说出的第一句话是“想吃煎饼加两个鸡蛋”，秦明和林涛长舒一口气，没想到大宝竟然又闭上眼睛，心跳骤停……
几天后，大宝安然回到工作岗位，秦明抑制内心的欣喜，对大宝说，自己以为她死了。大宝已经习惯了秦明不会聊天的性格，并不以为然。这时，林涛接到了新的案件，“铁三角”重出江湖……(本站原创剧情，转载请注明出处!)
