令红缨感到吃惊的是，组织派给她的任务竟然是处决叛徒韩奎。红缨不敢相信韩奎会叛变，但组织言之凿凿，红缨咬牙受命。茅剑升无法挽回连莲的心意，恼羞成怒的他决定干掉韩奎，可偏偏张营长把守严密，毫无下手之机。
唐爱诗向连城提出分手，令连城错愕，他忽然意识到，自己无意中已经爱上了唐爱诗，又在无意中伤害了唐爱诗。茅剑升潜入医院，就在将枪对准躺在病床上的韩奎时，连城及时赶到喝止。茅剑升说自己要杀韩奎纯粹出于个人恩怨，他不能眼睁睁看着韩奎从自己手里抢走连莲。
连城说，韩奎跟我有不共戴天之仇，于公于私都还轮不到你来毙他。但茅剑升铁了心下杀手，关键时刻，张营长率众前来，将茅剑升缴械。连城要张营长加强警戒，除了唐爱诗和连莲，任何人没有自己的命令不得入内。连莲从冷长礼口中得知，当年其实是彭久救了自己，连莲伤感不已。红缨乔装护士，潜入医院，与唐爱诗擦肩而过。
红缨显身，韩奎不忍解释，却吐露真情，愿与红缨来生结为夫妻，红缨相信韩奎不会叛变，终于没有开枪，而枪声却已大作!连城率兵前来，茅剑升带人破门而入，红缨当场身中数枪殒命。韩奎怒发冲冠，以为是连城开枪，拔枪向连城射击。46军与南海纵队的人马交火，枪战中连城不幸中枪，而韩奎则在混乱中不知踪迹……
转眼已是1946年5月，抗战胜利的喜悦犹在眼前，内战的阴云却也触目可及。蒋介石还都南京，任命连城继续带兵，执掌四十六军，他告诉连城，党国要在山东与共军进行一场决战，此战胜负关系党国基业的成败。
深度潜伏第26集剧情介绍蒋介石召开最高军事将领会议，第一次参加最高级别军事会议的连城很焦虑，因为他不得不承认蒋介石的山东战役作战方针设计极其缜密。方针若得以顺利实施，将置共产党华东野战军于绝境。他同时也明白了蒋介石为何要他重掌四十六军，这支骁勇善战的桂系部队正是整个方案中最重要一环，是整盘棋中的胜负手，所以蒋介石必须把它牢牢的抓在自己手里。
连城决定无论多么危险，也要将情报送出。中共方面也对此次会战高度重视，为了掌握准确情报，苏志丹被派往南京与连城联系，苏志丹还特意带上了连城给他的烟斗。连莲主动要求加入中统，茅剑升喜出望外。
唐爱诗奉上级指示与当地地下党联系，不料出现在她面前的正是当年失踪的韩奎，然而韩奎的一番话让唐爱诗产生了疑惑，难道连城真的不是我们的同志?连城每天都在翻看报纸，实际上是在找组织的联络信号，可他每次都失望，眼见战事临近，情报在送不出去恐怕就会贻误战机。
连城忽然有了告诉唐爱诗的冲动，可他很快边便消了这个念头，他分析唐爱诗很可能跟自己一样属于长期潜伏的地下党，不能主动跟组织联系，为了避免危险，他放弃了。连城去找马军长请教如何既能不折损身家，又可以不背负战败之名的两全之策，马军长分析精辟，最后告诉连城，没有诀窍，只有六个字：顺天意，尽人事。连城若有所思。
已经升任处长的茅剑升接到密告，有个从延安来的神秘人物一直跟随周恩来，恐怕是条大鱼。回家途中，连城在车上翻看报纸，突然，他看到了一则广告：范舟先生教授古筝。这正是组织联系他的信号。
深度潜伏第27集剧情介绍连城接到苏志丹的连锁信号欣喜异常，他到酒店打了个电话，但很快意识到危险随即放下了电话。果然，连城刚走，茅剑升就现身，追问刚才那个电话打到了哪里，结果却是连城根本没有打任何电话。在韩奎的安排下，唐爱诗见到了苏志丹，了解了此次任务的内容就是跟潜伏在南京的某重要地下党街头，以取得关于山东战场的情报。
唐爱诗虽然犹豫不决，可还是向苏志丹说出了自己对连城的担心，她问苏志丹连城的身份，苏志丹因为纪律没有回答，但却意味深长的告诉唐爱诗，像连城这样同情共产党又在蒋介石身边得到信任的国民党重臣，正是我们积极争取的对象。
茅剑升的特务无孔不入，由于叛徒施峻的出卖，他们发现了苏志丹，茅剑升兴奋的像一头恶狼，随时准备扑食。随后他处死了施峻，部署行动。连城联系上了苏志丹，两人在火车站约见。唐爱诗在苏志丹下榻的酒店见到了茅剑升，茅剑升故作偶遇，与唐爱诗寒暄，看着唐爱诗离去，茅剑升更加确信，苏志丹一定就在这个酒店某个房间里，他决定守株待兔。
唐爱诗慌忙向苏志丹汇报，并要他尽快转移。苏志丹刚离开不久，茅剑升便带人包围了酒店，可他一无所获。如今的他已经不再是那个没有城府的狗腿子，而是变得更加老辣沉稳，他不慌不忙的叫来酒店经理问话，他对房间里的一盆野花提起了兴趣，一家如此高级的酒店里怎么会有这种花呢?
