故事发生在1942年5月的滇西。
中国远征军败退缅甸，日军尾追溃退的远征军散兵和滇西逃难百姓直逼横跨怒江的惠通桥。日军谍报机关“芒市一号”岛田大佐，率日军先头部队假扮难民，准备乘乱夺取惠通桥，千均一发之际，中国军队炸毁惠通桥，阻日军于怒江以西。
已经退过江东的军统龙陵“蝴蝶小组”副组长沈丽萍和侍女小环，奉上峰命令返回江西，就在惠通桥即将炸毁之时，沈丽萍不顾守卫桥头的某团侦察参谋马成龙阻止，强行冲过惠通桥。两年后，中国远征军新任总司令长官率20万大军集结怒江东岸，准备对滇西日军实施全面大反攻。为保障部队顺利过江，中国军队派出联络人员，携带作战方案及最新无线电密码空投敌后，飞机因大雾油料耗尽，降落敌占区。
日军“芒市一号”首脑岛田大佐，一直怀疑江对岸的中国军队将有一次重大行动，为此派出铁鹰小组，化装成中国军人渗透怒江东岸。日军“铁鹰”行动被马成龙无意中破坏，在我军机上人员悉数落入岛田手中，狡诈的岛田制造了飞机失事、机毁人亡的假象。
载有中国军队重大机密的飞机失事，令中国军指挥部高层震惊，为查清我军作战机密是否落入敌手，总司令长官任命指挥部直属预二团侦察参谋马成龙为“黑丛林”支队司令，赶往龙陵查找失事飞机，潜伏龙陵的军统“蝴蝶”小组奉命配合马成龙行动。
滇西1944剧照
岛田亲自审讯被俘中国情报官，备受折磨的杜参谋碰头假装失忆，岛田决定借助龙陵中医世家沈府大小姐沈丽萍的针灸来治好杜参谋，获取中国军队情报。
滇西1944第2集剧情介绍中共龙陵游击队政委、小昆明照相馆老板娘蔡凤琴，利用到沈府看病的机会，巧妙告诉沈丽萍飞机失事有诈，而马成龙对已是一片残骸的飞机产生怀疑，马成龙跟“蝴蝶小组”接头，对美丽的沈丽萍一见倾心。
军统“蝴蝶小组”上校组长“观主”，被岛田飞机失事假象所迷惑，向中国军队指挥部发去了“机毁人亡”的报告，中国军队指挥部得知作战机密没有泄漏，决定按原定作战计划，以顾总司令的20集团军为主攻部队，强渡怒江，出敌不意向腾冲日军发起攻击，以宋总司令11集团军防守怒江，同时派出加强团，奇兵突袭日军占领的要隘红木树。中国军队大反攻已是箭在弦上。
渡江战役打响的时间在分分秒秒迫近，日军“芒市一号”也从中国军队无线电静默中，感觉到一场暴风骤雨即将来临。
蔡风琴从日军留下的蛛丝蚂迹中，怀疑失事飞机上的人员已经落入敌手，并巧妙地将这一怀疑告知沈丽萍。岛田带杜参谋到沈家治病，病人的身份引起马成龙和沈丽萍怀疑，马成龙、沈丽萍利用针灸之术，得知杜参谋就是机上人员，而且中国军队作战机密并未泄漏。为救出杜参谋，马成龙不顾观主和沈丽萍反对，夜袭日军行政班，但行动失败，反而引起岛田怀疑，岛田将计就计，从杜参谋口中诈出了中国军队作战计划和最新无线电密码。滇西日军最高长官松山佑三下令日军调整部署，严阵以待。
马成龙、沈丽萍再次利用针灸术，从日军口中得知杜参谋已将作战计划泄漏，但狡诈的岛田以强大无线电干扰，使马成龙情报无法及时传回中国军队指挥部。渡江反攻时间已经迫近，马成龙被迫返回江东报告，但没能及时赶回。
