一些持怀疑态度者认为，飞碟现象根本是幻想与欺骗下的产物。然而，有不错的原因可以反驳，就是外星人可能要保持其存在的秘密。
外星人领导者的指示
据报道，一个猜测是，外星人有某种道义上的原因，使他们无法大规模地干预不太先进文明的行星事务。因此外星人领导者指示探测船规则，如果行星自己尚未达到高层次的技术时，不要改变它的自然发展轨迹。
飞碟与传递信息的先知
某些人声称自己是被外星人专门选定的，外星人透过与他们的暗中接触传递信息给人类。例如拍到许多清楚飞碟照片的乔治亚当斯基、比利德梅尔，与雷尔教派等。当然，对这些人的声称，基本上是站不住脚的。如果外星人想传递一些信息，一定会找具有公众信任的人物，而不是随便找一个人？而传达的信息通常是，人类还没有准备好开放与地外文明接触，因为我们的水准，精神意识太低。
外星人研究人类遗传基因？
最可怕的一点，为什么外星人没有公开接触的原因，是他们对我们并不友善。毕竟，如果你的意图是敌对的，为什么你需要公开宣佈？一些UFO专家认为，外星人到这里来收集人类遗传物质，可能是为了创造杂种外来人。更进一步的阴谋论
有人相信外星人和美国自己的政府之间，已经取得了一个秘密的协议，在有限的范围内，允许外星人绑架人类进行研究，以换取分享一些他们的秘密技术。如果是这样，这似乎是一个奇怪的协议。毕竟，如果美国的政府开始公开使用外星技术，必然有些问题将被人民质疑？如果协议存在的话，那为，就意味著美国的政府拥有先进的外来技术，但他们又不能公开使用，为什么他们会需要这样的协定？也许美俄冷战时期诱惑了他们。库存的外来超级武器，可以在发生第三次世界大战时用得上。
